是接着《X战警3》。

当初自由岛之战，金刚狼忍着心中的悲痛杀死黑凤凰后，便开始独自旅行。在二战时期，金刚狼认识了日本人矢志田。此次受矢田志之邀前往日本，却陷入一场阴谋之中。

在电影结尾，金刚狼离开日本时，万磁王和x教授一同现身，告诉金刚狼，政府正在发明一种厉害的武器对付变种人。

位于加拿大的深山老林，背负着永生之苦的“金刚狼”罗根（休·杰克曼 Hugh Jackman 饰）隐居于此。在一次与猎人的冲突中，他得到东瀛女子雪生（福岛莉拉 饰）的帮助。雪生是罗根二战期间的旧相识矢志田派来的下属，似乎不久于人世的老友渴望死去之间再见罗根一面。跨越重洋的罗根终于见到在虚弱的矢志田，对方希望他能够保护自己的孙女真理子（冈本多绪 饰）。随着老人谢世，葬礼上突然战火点燃。罗根在雪生的帮助下拼死救出真理子，而矢志田的儿子信玄（真田广之 饰）似乎另有所图。逃亡途中，罗根意外发现他丧失了自愈的能力，金刚狼最大的危机降临。

在电影《金刚狼2》中，市朗计划用真理子作为俘获金刚狼的诱饵，接着用艾德曼合金制造的机器人盔甲（银色武士盔甲）来提取金刚狼的永生因子。

然而，真理子设法使银色武士的剑击中束缚罗根的机器，从而将其解放。

真理子随后用金刚狼的断爪杀死市朗。最终，真理子成为矢志田公司的新CEO，并且与金刚狼告别。